Matthias Ziegler ist einer der vielseitigsten und innovativsten Flötisten seiner Generation. Sein Engagement gilt der »traditionellen« Flötenliteratur genauso wie auch der zeitgenössischen komponierten und improvisierten Musik. Entsprechend vielfältig ist seine Konzerttätigkeit: Soloauftritte mit seinen selber entwickelten Spezialinstrumenten, Konzerte mit dem Perkussionisten Pierre Favre, Auftritte mit George Gruntz, Tourneen mit dem amerikanischen Bassisten Mark Dresser sowie Mitwirkung beim Collegium Novum Zürich.
Ziegler ist Professor für Querflöte und Improvisation an der Zürcher Hochschule der Künste. Er spielt eine Vierteltonflöte mit »Brannen-Kingma System«, eine Alt- und Bassflöte von Eva Kingma (Holland), eine Kontrabassflöte von Kotato & Fukushima (Japan) sowie die von ihm selber entwickelte Matusi Flute.
Das Bayerische Kammerorchester arbeitet mit zahlreichen auf ihre Weise außergewöhnlichen Persönlichkeiten zusammen und wurde u. a. mit dem Bayerischen Staatsförderpreis, dem Friedrich-Baur-Preis, dem Siemens-Kulturförderpreis und dem Kulturpreis des Bezirks Unterfranken ausgezeichnet.